Doğumsal anomaliler olarak bilinen doğum esnasında var olan fiziksel şekil bozuklukların ve pek çok hastalığın tanı ve tedavisi ile çocuk cerrahisi bölümü hekimleri ilgilenir. Kalp hastalıkları hariç olmak üzere göğüs, jinekoloji, onkoloji, endokrin, sindirim sistemi, travma, karın ve göbek fıtığı cerrahisi başlıca uzmanlık alanlarıdır. Açık ameliyatların yanı sıra kapalı ameliyat olarak bilinen laparoskopik ve torakoskopik cerrahi girişimler de çocuk cerrahı tarafından uygulanır.